Náboženské organizácie

Dôležitým fondom pre výskum cirkevných dejín je fond Mariánska provincia františkánov v Bratislave (1092) (1253 – 1918), ktorý tvoria vzácne písomnosti už od 13. storočia. Kláštory Mariánskej provincie sa nachádzali na dnešnom území východného Rakúska, západného Slovenska a západného Maďarska. Fond Salvatoriánska provincia františkánov na Slovensku (1919 – 1950)už svojou pôsobnosťou zahŕňa kláštory z celého územia Slovenska. Tieto fondy obsahujú stredoveké listiny vydané prevažne pápežskou kanceláriou, uhorskými panovníkmi či hodnovernými miestami. Významnými prameňmi sú tiež kláštorné kroniky, pápežské buly, kráľovské dekréty, písomnosti týkajúce sa beatifikácie a kanonizácie, účtovné písomnosti, testamenty či nekrológy.

Z ďalších cirkevných fondov sa v Štátnom archíve nachádzajú zlomky archívov Jezuiti v Bratislave (1626 – 1949), Kanonistky (notrdamky) v Bratislave (1656 – 1942) a ďalšie. Lokálny význam majú aj fondy farských  úradov niektorých obcí, napr. Rímskokatolícky farský úrad vo Veľkých Levároch (1699 – 1764).